Di Pesantren Media, seperti Pesantren kebanyakan, yaitu memiliki pengajian yang diadakan setiap minggunya. Pengajian setiap minggu ini bertempat diluar Pesantren, jadi setiap minggu santri-santri berangkat dari Pesantren jam 6 pagi, kemudian menaiki AngKot ketempat Pengajian.
Pengajian ini dihadiri banyak orang, selain dari Pesantren media. Ust.Abdurrahman Al-baghdady sebagai pengisi pengajian, yang bertempat di masjid Nurul Ilmi, PUSLITBANG, Merdeka, Bogor. Pengajian ini sudah berlangsung lebih dari sepuluh tahun dengan pengiisi pengajian yang sama, bahkan sebelum Pesantren Media dibuat.
Peangajian dimulai dari jam 7:00 sampai 8:30. Pengajian ini membahas Tafsir Al-Quran dan Hadist, dan juga ada sesi tanya-jawab seputar pembahasan ataupun tidak.
Semua santri diharapkan ikut pengajian, membawa buku dan alat tulis, dan mendengarkan dengan khusyuk perkataan Ustad. Jika ada yang mengantuk, maka disuruh untuk izin cuci muka.
Selain pengajian ini, ada juga pengajian mingguan yang diadakan oleh Pesantren. Pengajian ini diadakan setiap jumat pagi setelah shalat shubuh. Pengisi kajian ialah para santri, yang membahas buku karya Ibnul Qayyim Al-Jauziah yang berjudul Penawar Hati yang Sakit. Para santri bergantian setiap minggu agar melatih jiwa dai mereka. [Taqiyuddin Abdurrahman Leboe, kelas 9]